NaClO溶液的滅菌原理是通過水解形成的次氯酸，次氯酸再進一步分解就形成了新生態的氧，新生態氧的極強氧化性使得菌體與病毒的蛋白質發生變性，從而使病源微生物發生致死。消毒的原理是以產生出次氯酸的方式實現的。次同氨可以發生反應，在水中生成微量的氯氨化合物，但這種物質是比較安全的殺生藥劑，遠不及NaClO的實際殺菌能力。
次液體投入水中，瞬時水解形成次氯酸和次氯酸根，因次氯酸是很小的中性分子，不帶電荷，能迅速擴散到帶負電的菌(病毒)體表面，并通過細菌的細胞壁，穿透到細菌內，次氯酸極強氧化性破壞了菌體和病毒上的蛋白質等酶系統；從而病原微生物。微酸性次溶液( 次氯酸殺菌水) 具有殺菌能力強，穩定性高，生成方式簡便易行，對于金屬材料的腐蝕性很微弱等特點。此外，低濃度微酸性次溶液不具有毒性，在有人員操作的場合也可以進行，排放后對環境無污染，是一種廉價、安全的綠色殺菌消毒劑。
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